En el año de 1732 llegaron los jesuitas a Guanajuato, donde fundaron luego un hospicio para la enseñanza de la juventud. Es el antecedente más lejano de la ahora Universidad de Guanajuato. Para tal finalidad obtuvieron en préstamo la casa habitación de Doña Josefa Teresa de Busto y Moya, más aportaciones en dinero de ella y de otros vecinos acaudalados.

Fue hasta el año de 1744 en que se contó con la licencia del Rey para la elevación del hospicio a la calidad de Colegio, siendo nombrado de la Santísima Trinidad. Uno de sus últimos rectores jesuitas edificó el colegio primitivo, que ahora está destinado a la Escuela de Relaciones Industriales de la Universidad, quedando la casa de doña Josefa solo para habitación de los Padres. Con la expulsión de los jesuitas en 1767, el Colegio cerró sus puertas por algunos años, hasta que los felipenses se instalaron en los edificios que fueron de la Compañía de Jesús, abriendo otra vez sus aulas, bajo el nombre de "La Purísima Concepción".

En 1828 la institución pasó a manos del Gobierno de Guanajuato y posteriormente recibió el nombre de "Colegio de Estado". Se aumentaron varias cátedras y carreras liberales. En 1945 fue elevado al rango de Universidad, bajo la primera rectoría de Armando Olivares. En los últimos treinta años la Universidad ha crecido en dependencias, escuelas, alumnado y personal, teniendo que ampliar sus instalaciones tanto en Guanajuato como en otros lugares del estado.