Durante muchos años, San Sebastián fue el principal cementerio con que contaba la ciudad, para no hablar de los de San Cayetano y de San Agustín, este último de la exclusiva propiedad de extranjeros. Dotar a la ciudad de Guanajuato de una necrópolis adecuada a sus necesidades y a su mayor población hizo que el 30 de agosto de 1853 el ayuntamiento local solicitara del Gobierno del Estado licencia para construir un amplio y bien acondicionado cementerio en la falda sur del Cerro Trozado; dichas obras se terminaron hasta principios de 1861. A la circunstancia de su buena orientación y topografía, el cementerio agrega la muy curiosa y significativa de favorecer la conservación de cadáveres, momificándolos. Se dice que la primera momia fue exhumada del nicho número 214 de la primera serie, cuerpo inhumado el 19 de junio de 1865.

Desde el año de 1870 se comenzaron a colocar las momias en una pieza de la administración y los extranjeros comenzaron a visitarlas hasta 1894.

No todos los cadáveres se momifican, aun cuando estén inhumados en gavetas continuas; los sepultureros han observado que los cadáveres cubiertos de carbón y cal son los que se momifican y los que se hallan en cajas de zinc se conservan poco más de diez años. Hasta el 31 de diciembre de 1907, el número de momias exhumadas ascendía a 86.

Hay momias cuyas características denotan el despertar horrible y desesperado en el estrecho recinto de la fosa del enterrado vivo. Pero en la mayoría de los casos a la muerte real precedieron instantes de marcado sello de serenidad, sin huellas de sufrimiento. Así se aprecia en las momias de los niños, que dan la impresión de muñecos en inquietud.

Salón Culto a la Muerte
Contiene restos momificados e instrumentos de tortura, atravesando el umbral entre la vida y la muerte, la luz y la oscuridad, lo real y lo sobrenatural.